Prezident republiky odpouští a zmírňuje tresty uložené soudem a zahlazuje odsouzení, píše se v ústavě ČR. Pouze na uvážení hlavy státu záleží, jak s touto pravomocí naloží. Prezidentovo rozhodnutí nelze zvrátit, byť by existovaly pochybnosti o správnosti jeho počínání. Potvrzuje to i výrok Ústavního soudu, který se zabýval stížností na udělení milosti Miloši Balákovi. Ten byl v prezidentské éře Miloše Zemana ředitelem Lesní správy Lány. V této funkci byl pravomocně odsouzen k odnětí svobody, peněžitému trestu a zákazu výkonu činnosti za zločin sjednání výhody při zadávání veřejné zakázky. Miloš Zeman Baláka tohoto břemene udělením milosti zbavil. Kritici mu vyčítali, že hlavním důvodem měla být osobní známost s prezidentem. Zároveň většina k tomu rezignovaně dodávala, že se s tím nedá nic dělat. To si nemyslel jeden muž, který se obrátil na Ústavní soud. U něj si ověřil, že většina měla pravdu. Soud konstatoval, že nemůže přezkoumávat rozhodnutí prezidenta o udělení milosti. Mohlo by být i k tomu dojít pouze v momentu, kdy by vedlo k ohrožení podstatných náležitostí demokratického právního státu. Dle mínění soudců to není případ omilostnění Miloše Baláka. Zároveň dal stěžovateli za pravdu, že toto rozhodnutí nebylo přesvědčivě vysvětleno. Dodali také, že při jeho vydání prezident republiky nerespektoval vlastní sebeomezující rozhodnutí týkající se udělování milostí. Tím je za kontroverzním rozhodnutí Miloše Zemana z hlediska práva učiněna definitivní tečka. Názorně se ukázalo, že pokud hlava státu snese pár týdnů kritiky a pokud se neobává o znovuzvolení, může milost rozdávat, komu bude chtít. Nic zásadního na tom nemohou změnit ani pravidla, která si prezident nastaví. Za Miloše Zemana žádosti hodnotilo ministerstvo spravedlnosti. To mělo jejich oprávněnost posoudit a k hlavě státu nasměrovat pouze ty, které by splňovaly všechna kritéria. Na případu Miloše Baláka se názorně ukázalo, že tomu tak vždy být nemusí. Pokud se prezident rozhodl pro udělení milosti, nemusel brát na nic ohled. Zemanův nástupce Petr Pavel hodlá zavedený postup změnit. Celý proces by se měl vrátit do rukou lidí z Kanceláře prezidenta republiky. Jak dosavadní zkušenosti dokazují, není úplně podstatné, kdo hlavě státu pomůže žádosti o udělení milosti posuzovat. Vždy bude záležet na přístupu prezidenta, jak s touto pravomocí naloží. Pokud by se našla dostatečná většina zákonodárců, mohl by se o tuto výsadu podělit s někým jiným, například s premiérem nebo se senátory. Ani to by však samo o sobě nezaručilo, že milost bude udělována pouze těm, kdo si jí zaslouží. Dokazuje to pohled do minulosti. Velmi kontroverzní amnestii prezidenta Václava Klause tehdy svým podpisem posvětil premiér Petr Nečas. Pokud by mělo být zaručeno, že zmiňované prezidentské pravomoci nemohou být zneužity, musely by být zrušeny, což není řešení. Ve zcela výjimečných případech může udělení milosti reagovat na mimořádně závažné životní okolnosti týkající se pravomocně odsouzených. Konkrétně v momentu, kdy to pomocí § učinit nelze.